自己発送の送料ありなし

自分も比較対象も自己発送で、自分は送料設定をしていて、比較対象は送料無料の場合、送料分差がついたままになっていませんか?

APC-Proでは対応できていなかったような気がします。

逆の場合(自分が送料無料の自己発送、相手が送料ありの自己発送)は、自分をFBA扱いにする設定で対応できます。