出品終了を含んだアップロードファイルは、アップロード画面上でアップロードする前に、アップロードオプションを「価格と数量」から「出品ファイル」に変更してアップしてみてください。

SKU,Price,Quantityだけのアップロードファイルがなぜ「出品ファイル」を選ぶように変わったのか、仕様変更なのかバグなのかはっきりした回答をなかなかいただけません。　

現在はアマメールに宛名ラベル（１２面）印刷機能を実装中です。　それが試作できしだい、出荷時課金制度のための機能改良を進める予定です。