自分も比較対象も自己発送で、自分は送料設定をしていて、比較対象は送料無料の場合、送料分差がついたままになっていませんか？

APC-Proでは対応できていなかったような気がします。

逆の場合（自分が送料無料の自己発送、相手が送料ありの自己発送）は、自分をＦＢＡ扱いにする設定で対応できます。