バージョンアップ関係のものが何件かありました。

実行ファイルであるAPC-Pro.exeを上書きするだけなんですが、上書きの意味が分からないというケース。　

新しいバージョンのzipファイルをダウンロードして解凍し、APC-Pro.exe(その他のソフトは拡張子がexeのもの)を今お使いのバージョンが入っているフォルダ内に移動させます。

このとき、同じファイルが既にありますから警告が表示されます。そのまま上書きします。そういう意味の上書きです。　ドラッグ＆ドロップしてファイルを移動させてもいいですし、コピーや切り取りしてから貼り付けでもかまいません。

文章だけで基本的な操作を説明しようとすると余計ややこしいことになることがありますね。　ですからパソコンの基本的な操作については知り合いの詳しい方に尋ねてください。

もう１つ最近多い問い合わせは、対象外のチェックなど設定データは引き継がれるのか？　というものです。

先のバージョンアップの手順を行っていただければ、基本的に引き継ぎます。　APC-Pro.exeと同じフォルダ内に設定ファイルがあれば読み込むしくみになっています。各種設定ファイルが何を保存しているかはヘルプを参照してください。