現在こちらでの確認状況ですが、フルフィルメントに登録するとAPCモードが動作しなくなります。また通常のアップロード方式の価格改定においてもフルフィルメント対応の商品のみ改定ができません。（通常の出品者が発送する商品の価格は改定できます。）

どうすれば機能するかについての道筋は立てました。しかし一点だけ現在のところ手動対応になります。出品レポートの自動読み込みだけは対応できず、手動で出品詳細レポートを用意していただき、それを読み込ませる必要があります。（出品レポートの読み込みではフルフィルメントの商品も表示されますが、通常の商品と区別がつきません。区別させるには出品詳細レポートが必要です。）

また５万点を超える場合には簡易版の出品レポートで読み込ませますが、こちらもフルフィルメントの商品を識別できないので反映させられません。

フルフィルメント対応の商品と自前の在庫とをそれぞれ大量に扱う場合は、アマゾンのアカウントを複数に分けた方が効率がいいのではないかと思います。

現在のところフルフィルメントの商品も価格の改定をできるように改良する予定です。それ以上については今後オプションサービスとさせていただく可能性があります。　なぜならば出荷通知制度などと違い、フルフィルメントは利用者の任意のオプションサービスであり、全ユーザーに必要な対応ではありません。こちらもアカウントを別途用意して検証を行うなどのコストがかかります。何卒ご理解いただければと思います。　いずれにしてもまずは要望を掲示板に出してみてください。他の利用者からの発言にも目を通していただけると助かります。